วัดคลองเกษมได้ ตั้งวัดเมื่อพ.ศ. ๒๔๖๖ เดิมชื่อวัดคลองขอมใต้ โดยมีหลวงปู่เขียน ยโสธโร เป็นผู้นำในการก่อสร้างวัดร่วมกับชาวบ้าน ต่อมาในปีพ.ศ. ๒๔๘๓ วัดได้เปลี่ยนชื่อตามชื่อหมู่บ้าน เป็นวัดคลองเกษมใต้จนถึงปัจจุบัน ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อพ.ศ. ๒๕๐๐ เขตวิสุงคามสีมากว้าง ๔๐ เมตรยาว ๘๐ เมตร

การบริหารและการปกครอง มีเจ้าอาวาสรูปปัจจุบัน คือ พระอธิการสำราญ รกฺขิตธมฺโม