วัดปากน้ำโพเหนือ ตั้งวัดเมื่อพ.ศ. ๒๔๔๔ เดิมวัดชื่อว่า“ วัดทอง” เนื่องจากบริเวณที่ตั้งวัดนั้นมีต้นทองขึ้นเป็นจำนวนมาก จึงได้เปลี่ยนเป็นวัดทองธรรมชาติ และต่อมาในปีพ.ศ. ๒๔๔๔ ทางราชการได้สร้างทางรถไฟสายเหนือจากกรุงเทพ-เชียงใหม่ และตัดผ่านวัดทางราชการ จึงขอย้ายวัดไปตั้งอยู่เยื้องกับสถานีรถไฟปากน้ำโพขึ้นไปทางเหนือ ประมาณ ๑๕ เส้นซึ่งเป็นที่ตั้งวัดในปัจจุบัน ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อพ. ศ.๒๔๕๓ เขตวิสุงคามสีมากว้าง ๘ เมตรยาว ๑๔ เมตร

การบริหารและการปกครอง มีเจ้าอาวาสรูปปัจจุบัน คือ พระครูนิเทศพัฒนาภรณ์ ธมฺมาราโม