วัดพุทธมงคลนิมิตร ตั้งวัดเมื่อวันที่ ๓ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๐๘ เป็นวัดเก่าโบราณที่กรมศิลปากรได้ประมาณไว้ว่า เป็นวัดที่ถูกสร้างขึ้นประมาณปีพุทธศักราช ๒๓๐๕ ซึ่งเป็นสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลายเดิมเรียกว่าวัดพระปรางค์เหลือง จากปูชนียสถาน เช่น องค์พระปรางค์วิหาร และอุโบสถโบราณ สถานแห่งนี้ทำให้ได้ทราบว่า วัดพระปรางค์เหลืองมีอายุประมาณ ๒๓๐ ปี ต่อมาได้มีพระมาบูรณะพัฒนาให้วัดเจริญขึ้นมาตามลำดับ เมื่อพระครูพยุหานุศาสก์ (เงิน) ได้รับตำแหน่งเจ้าคณะอำเภอ และเจ้าอาวาสได้มีชื่อเสียงเกียรติคุณในทางวิปัสสนารดน้ำมนต์ เป็นที่รู้จักทั้งข้าราชการพ่อค้า ประชาชน เป็นที่เคารพนับถือ

จากบันทึกของทางวัดและจดหมายเหตุ ของทางราชการกล่าวว่า พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ ๕ ได้เสด็จฯ วัดพระปรางค์เหลือง ถึง ๓ ครั้งในการเสด็จประพาสต้นทางภาคเหนือของประเทศไทย

ครั้งที่ ๑ เมื่อวันที่ ๒ พฤศจิกายนพ. ศ. ๒๔๔๔ กรมหลวงเทวะวงศ์วโรประภาสอนุสนธิรายงาน เวลา ๑๖. ๐๐ น. ลงเรือประเทียบทัศนาจร เมืองพยุหะคีรี และวัดพระปรางค์เหลือง นมัสการ พระครูพยุหานุศาสก์ (เงิน) ซึ่งเป็นเจ้าอาวาส

ครั้งที่ ๒ เมื่อวันที่ ๑๑ สิงหาคมพ. ศ. ๒๔๔๙ มาถึงวัดพระปรางค์เหลืองเวลา ๑๒. ๐๐ น.

ครั้งที่ ๓ ตรงกับพ.ศ. ๒๔๕๑ เสด็จโดยทางรถไฟจากสถานีรถไฟบางปะอิน ถึงเมืองนครสวรรค์ เมื่อเสด็จลงจากรถไฟพระที่นั่งแล้วทรงลงเรือพระที่นั่ง จากเมืองนครสวรรค์ลงมายังวัดพระปรางค์เหลือง ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อพ.ศ. ๒๕๑๔ เขตวิสุงคามสีมา กว้าง ๔๐ เมตรยาว ๔๐ เมตร

การบริหารและการปกครอง มีเจ้าอาวาสรูปปัจจุบัน คือ พระเทพมงคลสุธี